El Archipielago de Chagos fue descubierto por el explorador español, Diego García de Moguer en 1554, bautizando a la mayor de las islas como Diego García.
El BIOT (en inglés British Indian Ocean Territory) se estableció como territorio del Reino Unido el 8 de noviembre de 1965, estando formado por los archipiélagos de Chagos, Aldabra, Farquhar y las islas de Des Roches. El 23 de junio de 1976 Aldabra, Farquhar y Des Roches fueron devueltas a Seychelles a causa de su independencia. Por ello en la actualidad el BIOT está constituido solamente por un grupo de seis islas incluido el archipiélago de Chagos. El resto de islas están deshabitadas. Entre 1967 y 1973, los agricultores que anteriormente residían en la isla (unos 3000) fueron enviados a Mauricio y al archipiélago de las Seychelles. En el año 2000, la corte suprema británica anuló la orden de inmigración local que excluía a los residentes del archipiélago, pero apoyó el estado militar especial de la isla.
Los Estados Unidos arriendan la isla al Reino Unido para el uso de la base militar. El contrato vence en 2016. Mientras, el archipiélago de Chagos está reclamado por Mauricio y las Seychelles.
